WordPressのテーマ・Affinger限定の相性問題のようです。
プラグインの作者はバグ回避として「Legacyバージョンで使用してくれ」と回答しています。
最新版の1.9.5ではまだ修正されてません。
作者はJqueryのバージョン（AffingerはVer.1.11.3をデフォルトで指定している）を気にしているようですが、当サイトでは3.7.0です。それでもバグっています。
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- Easy FancyBoxバグ回避
「Version」という項目にてデフォルトの設定「Classic Reloaded」を「Legacy」に変えればとりあえず最新版でもページ上部へ戻るバグは回避されます。
